Cerita ini mengisahkan dua pihak yang selalu berperang iaitu Natural(Persekutuan Bumi) dan Coordinator (ZAFT). Natural ini tinggal kat bumi manakala Coordinator tinggal kat angkasa. Wow...bestnya tinggal kat angkasa siap bina nama tempat yang di namakan " Plant" . Natural dan Coordinator dua-dua manusia cuma perbezaannya Coordinator ini golongan yang melalui perubahan genetik melalui kaedah sains. Jadi Coordinator ini mempunyai kebolehan yang luar biasa.
Peperangan bermula dengan tragedi " Bloody Valentine " apabila salah satu koloni Plant iaitu Junius-7 kena serang dengan senjata nuklear oleh pihak Persekutuan Bumi maka ramai yang terkorban. Maka pihak Coordinator yang mempunyai bala tenteranya yang dikenali sebagai ZAFT pun bangkit membalas serangan. Maka peperangan pun bermula.
Pertemuan antara dua orang sahabat lama ini berlaku apabila Athrun dan kawan-kawan tenteranya pergi ke bumi untuk mencuri Gundam. Disini lah permulaan apabila Athrun ini hampir menembak sahabat lamanya uitu.Namun dia berundur diri dan gagal mencuri gundam yang terakhir itu. Kira pula memandu Gandum Freedom sebab nak melindungi kawan-kawannya. Maka Kira ini tersepit antara dua belah pihak sebab Kira ini Coordinator cuma dia saja yang masih tinggal di bumi.Jadi kira terpaksa berjuang dengan Persekutuan bumi demi mempertahankan kawan-kawannya golongan Natural.
Nak tahu lebih lanjut tontolah drama animasi yang mempunyai 50 episode ini. Sekurang-kurangnya kita akan faham mesej yang cuba di sampaikan dalam animasi ini. Apabila dah tamat episode ini teruskan pula dengan animasi " Mobile Suit Gundam Seed Destiny.
